Dalam usaha untuk mencipta logo sekolah, Lembaga Pengurusan Sekolah telah mengadakan satu pertandingan mencipta logo sekolah. Penyertaan pertandingan ini terbuka kepada seluruh warga SAKURA yang berminat. Hasilnya, pertandingan ini menerima penyertaan yang cukup memberangsangkan daripada warga SAKURA, terutamanya kepada pelajar-pelajar yang amat meminati seni lukisan. Setelah dihakimi oleh Jawatankuasa Pemilihan Logo, maka ahli jawatankuasa sebulat suara memilih logo ciptaan En. Bahtiar b. Afandi, Penolong Kanan Akademik dan Pentadbiran SAKURA untuk menjadi pemenang. Logo Sekolah Menengah Sains Kuching Utara telah dirasmikan pada 22 Mei 2013 oleh Pengetua, Dr. Norisah bt. Hj. Suhaili bersama-sama lagu 'MEKAR SAKURA' dalam satu majlis khas.

Logo ini mempunyai pengertian yang tersendiri. Berikut merupakan perincian kepada setiap komponen logo SAKURA:

PERISAI:

• Melambangkan keberanian, kegagahan, kekuatan dan perlindungan
• Lambang serta empat bahagian berwarna iaitu Merah, Hijau, Kuning dan Biru dalam perisai melambangkan empat buah rumah dalam Sistem Rumah SAKURA iaitu Ignis (Merah), Terra (Hijau), Aero (Kuning) dan Aqua (Biru).
• Nama rumah SAKURA ini merupakan nama Latin yang mewakili empat elemen alam semulajadi iaitu Ignis (Api), Terra (Tanah), Aero (Angin) dan Aqua (Air).
• Empat elemen alam semulajadi ini menunjukkan empat keadaan jirim iaitu Api-Plasma, Air-Cecair, Udara-Gas dan Tanah-Pepejal

SKROL:

• Melambangkan kejayaan dalam pencapaian akademik dan pendidikan.
• Ilmu, Integriti, Iltizam ialah nilai yang ada pada setiap warga sekolah.